内贸海运集装箱市场的以国有性质的航运公司为主，私营内贸航运公司也得到蓬勃发展，尤其是2008年在金融；某寤飨，远洋运输一败涂地。而我国内贸集装箱运输市场一枝独秀，内贸集装箱运输市场迎来急剧发展，但同样我国内贸海运集装箱运输发展中也存在的问题。

（1）内贸集装箱运输治理机造不健全
（2）不足有效的理货机造。表贸集装箱运输在海关系统的严格要求和治理下，其理货机造是很美满的。但内贸集装箱运输却底子没有理货这个法式。理货机造的缺失带来了几个严沉的问题：
       A.出现货损的司法空缺。由于没有理货机造，货主、港口、收货人往往会由于某种原因造成的货物缺失而产生争议，但却没有有效的文件来证明或澄清。
       B.不能对危险品进行有效监控。在没有理货监督的前提下，部门货主就能够不报、瞒报危险品，或者夹带危险品，从而为运输安全带来了严沉隐患，极大地威胁到人民性命财富的安全。
       C.内贸集装箱运输超载景象严沉，内贸集装箱运输超载是市场存在的重要问题之一。内贸集装箱运输中货主为了节俭运费获得较大利润，主观上但愿最大限度地利用集装箱的空间。由于内贸集装箱货物种类繁多，甚至大量的建材、焦炭以及粮食都选取集装箱运输，因而就很容易造成内贸集装箱的严沉超沉，目前这种景象在我国港口普遍存在，但由于港口区域之间竞争成分大多采取忍让的态度。
（3）内贸单证系统不美满目前，内贸集装箱运输系统存在着严沉的单证系统不美满的问题，重要阐发为：分歧的港口有着分歧的单证，分歧的船公司其单证也不一致。
（4）内贸集装箱运输价值系统不健全，交通部在内贸集装箱发展初期造订了内贸港口有关收费的规定，明确划定了港口对于内贸集装箱的收费尺度。但是，这一尺度严沉低于表贸，根基上是表贸集装箱有关收费的一半。但随着内贸集装箱运输的发展这样的价值机造已成为了内贸集装箱发展的造约成分。同时由于内贸集装箱运价没有一个有效的监督机造，船公司之间在统一航路上的价值恶性竞争，也影响了内贸集装箱运输市场的健康发展。
（5）内贸水路集装箱运输市场准入机造必要调整
从港口层面来看，部门港口原先是从事表贸集装箱业务的，转为内贸集装箱船埠或内表贸兼作的船埠后，依然可能保障占有较完整的船埠基础设施和治理系统。但部门中幼内贸集装箱船埠在基础设施前提和治理系统方面则有着很大的差距，闸口系统、信息系统、安保系统等都不健全。从船公司的层面来看，水陆内贸集装箱运输市场的门槛要远低于表贸集装箱运输，因而出现内贸水陆运输市场船型混合，质量参差不齐，公司的运营治理系统也千差万别，这也是导致运价市场混乱的部门原因之一。
（6）内贸集装箱运输基础设施水平落后，装卸费率偏低。目前，我国内贸集装箱运输港口的基础设施水平还极度落后，内贸海运大部门船埠由杂货船埠刷新而成，基础前提要远落后于表贸集装箱船埠，极大地影响了内贸集装箱运输向更高层面的发展。船埠装卸作业，内、表贸集装箱在船埠的装卸成本险些一样，但是装卸费率却仅有表贸集装箱装卸费率的1/2，加上油价的涨幅和人为用度，这就给内贸集装箱船埠带来了较大的成本压力，船埠治理方也不愿意破费高昂的价值来更新基础设施